Na de decentralisatie uit de jaren ‘90 bestond er toch weer meer behoefte aan landelijke sturing door allerlei invloeden. Oorzaken daarvoor zijn de grootschaligheid en professionalisering van de branche, de Europese inmenging en de behoefte aan minder sturing voor afvalstoffen die nuttig konden worden toegepast.
In september 1996 zijn door de Commissie Toekomstige Afvalverwijdering (Commissie Epema) voorstellen gedaan waarbij aan de Rijksoverheid een nieuwe centrale rol wordt toebedeeld. De regering heeft eind 1996 een standpunt ingenomen dat de voorstellen in grote lijnen onderschrijft. Om de diverse aspecten van de nieuwe afvalverwijderingsstructuur wettelijk te verankeren is de Wet milieubeheer gewijzigd. De gewijzigde wet is op 8 maart 2002 in werking getreden. Belangrijkste veranderingen zijn de sturing van afvalbeheer op rijksniveau (recentralisatie) en de verplichting voor het opstellen van een afvalbeheerplan.
Op 3 maart 2003 is het eerste Landelijk afvalbeheerplan (LAP) in werking getreden. Eén van de doelstellingen is het realiseren van een gelijk Europees speelveld voor afvalbeheer, het bevorderen van marktwerking en het stimuleren van innovatie en preventie van afvalbeheer. Het LAP vormt sindsdien het uitgangspunt voor alle bevoegde gezagen. Het LAP geldt voor een tijdvak van zes jaar (art. 10.12, lid 2 Wm). Het tweede LAP (LAP2) is op 24 december 2009 in werking getreden.
Op 28 december 2017 is het derde Landelijk afvalbeheerplan (LAP3) in werking getreden en vervangt vanaf dat moment het voorgaande LAP2. In het LAP3 is het afvalbeleid voor de periode 2017 tot en met 2023 vastgelegd, met een doorkijk naar de periode tot 2029. Eind 2025 wordt naar verwachting het LAP vervangen door het Circulair Materialenplan (CMP).
Een belangrijke reden voor een nieuw LAP was onder meer de overgang naar een circulaire economie. In het LAP3 heeft de bijdrage van het afvalbeleid aan die transitie en de rol van alle partijen in de keten meer aandacht gekregen. Daarnaast zijn er ook nieuwe onderwerpen uitgewerkt, zoals hoe om te gaan met zeer zorgwekkende stoffen (ZZS) in afvalstoffen en de verschillende niveaus van recycling om hoogwaardige recycling te stimuleren.
Daarnaast is het LAP dynamischer geworden. In sommige sectorplannen worden relevante ontwikkelingen geschetst die mogelijk nog tijdens de planperiode zouden kunnen leiden tot een verhoging van de minimumstandaard. Verder beschrijft het beleidskader welke ruimte geboden kan worden aan innovaties die ondersteuning verdienen voor de overgang naar de circulaire economie (experimenteerruimte). Ten slotte wordt meer ruimte geboden om materialen niet langer als afvalstoffen te beschouwen door het verschaffen van duidelijkheid rond de begrippen einde-afvalstof en bijproduct. In juli 2018 heeft het ministerie van Infrastructuur en Waterstaat (IenW) daarvoor de "Leidraad afvalstof of product" uitgebracht. Deze is voor het laatst geactualiseerd in januari 2025 en heet nu de Handreiking afvalstof of niet-afvalstof (versie 1.4).
Het LAP is een essentieel instrument bij vergunningverlening en handhaving door de lagere overheden. Het LAP heeft horizontale en verticale binding (art. 10.14 Wm). In hoofdstuk 6 wordt verder ingegaan op het LAP.
Op 1 oktober 2010 is de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo) in werking getreden. Veel onderdelen uit de Wet milieubeheer, onder andere het vergunningenhoofdstuk, zijn hierin op genomen. Hoofdstuk 10 van de Wet milieubeheer is op 1 oktober 2010 is nadien aangepast aan de Kaderrichtlijn afvalstoffen 2008/98 en de aanpassing daarvan in 2018 (2018/851/EU). Op 1 januari 2024 is hoofdstuk 10 Wet milieubeheer aangepast in verband met de inwerkingtreding van de Omgevingswet.
Door de centrale sturing over het afvalstoffenbeleid (LAP en de opvolger daarvan het CMP) ligt de regie nog steeds bij de rijksoverheid, in het bijzonder de Minister van Infrastructuur en Waterstaat. De lagere overheden (provincies en gemeenten) zijn aan zet bij het beoordelen van milieubelastende activiteiten met afvalstoffen en het verlenen van omgevingsvergunningen.
