De centrale doelstelling van het instrument milieueffectrapportage is het milieubelang een volwaardige plaats te geven in de besluitvorming over activiteiten met mogelijk belangrijke nadelige gevolgen voor het milieu. Door een milieueffectrapportage worden de milieueffecten in brede zin van een voorgenomen activiteit en alternatieven daarvoor beschreven. Voor sommige plannen of projecten (“activiteiten”) is het maken van een milieueffectrapport (MER) verplicht. Die verplichting (m.e.r.-plicht) vloeit voort uit de Europese richtlijn voor milieueffectrapportage. De eerste Europese richtlijn dateert uit 1985 (Richtlijn 85/337/EEG) maar deze is daarna diverse malen aangevuld en gewijzigd. De meest recent Europese richtlijn is de Richtlijn 2014/52/EU van 16 april 2014 tot wijziging van Richtlijn 2011/92/EU betreffende de milieueffectbeoordeling van bepaalde openbare en particuliere projecten. Op de website van de Commissie voor de milieueffectrapportage (www.commissiemer.nl) zijn de relevante Europese richtlijnen ontsloten.
De eisen van de richtlijnen zijn nationaal omgezet in afdeling 16.4 van de Omgevingswet en hoofdstuk 11 van het Omgevingsbesluit. De taken van de Commissie mer zijn geregeld in artikel 17.5 van de Omgevingswet en hoofdstuk 12 van het Omgevingsbesluit. Tot 1 januari 2024 waren de bepalingen nog opgenomen in hoofdstuk 7 van de Wet milieubeheer en het Besluit milieu-effectrapportage.
De regelgeving omtrent milieueffectrapportage raakt een aantal milieubelastende activiteiten die betrekking hebben op handelingen met afvalstoffen. In deze paragraaf worden een aantal relevante relaties met de mer-regelgeving behandeld omdat die in de praktijk tot vragen discussie leiden.
De activiteiten met betrekking tot afvalbeheer zijn opgenomen in onderdeel L van bijlage V van het Omgevingsbesluit. In onderstaande tabel zijn deze weergegeven.



Specifiek aandachtspunt is het gebruikte begrip “afvalverwijdering”. De definitie van verwijdering in het kader van de m.e.r.richtlijn is anders dan die in het kader van de afvalstoffenwetgeving. Dit werd voor het eerst duidelijk in het "Massafra-arrest" (HvJ 23 november 2006, ECLI:EU:C:2006:732 (C-486/04), Commissie vs. Italië, onder 44-45) waarin is geconcludeerd dat afvalverwijdering in de zin van de m.e.r.-richtlijn een autonoom begrip is dat een betekenis moet krijgen die volledig beantwoord aan het in de m.e.r.-richtlijn nagestreefde doel. Ook handelingen van nuttige toepassing kunnen dus in dit kader onder "afvalverwijdering" vallen. In het Omgevingsbesluit is ervoor gekozen om de term afvalverwijdering te handhaven maar in de toelichting op de nieuwe categorie L2 (voorheen C 18.1) is het volgende vermeld:
"Het begrip verwijdering moet, in navolging van het Massafra-arrest ruim worden uitgelegd. Het Hof van Justitie heeft in dit arrest aangegeven dat het begrip afvalverwijdering in de zin van de mer-richtlijn een autonoom begrip is dat een betekenis moet krijgen die beantwoordt aan het in de mer-richtlijn nagestreefde doel. Volgens het Hof omvat afvalverwijdering alle handelingen die leiden tot hetzij verwijdering van afvalstoffen in de strikte zin van het woord, hetzij tot nuttige toepassing daarvan. In het Massafra-arrest betekende dit dat ook een installatie voorverbranding van brandstof afkomstig van afvalstoffen en biomassa onder afvalverwijderingsinstallaties wordt begrepen. Ook een mestverwerkingsinstallatie kan in beginsel worden aangemerkt als een installatie voor de verwijdering van afvalstoffen."
In de verderop behandelde jurisprudentie komen enkele voorbeelden aan de orde.
In omgevingsrechtelijke procedures (zowel milieu als ruimtelijke ordening) is het van belang om alert te zijn om een mogelijke m.e.r.-plicht of m.e.r.-beoordelingsplicht. Relevant is met name dat aan het begrip "verwijdering" in het kader van de m.e.r.-regelgeving een andere betekenis toekomt dan in de afvalstoffenwetgeving. Ook kan het bij handelingen met afvalstoffen (bijvoorbeeld bij vergistingsprocessen voorkomen dat er sprake is van een geïntegreerde chemische installatie die valt onder de m.e.r.-(beoordelings)plicht (project F3 in bijlage V van het Omgevingsbesluit).
Bioraffinage-installatie voor meststoffen isgeïntegreerde chemische installatie volgens Besluit m.e.r., ABRvS, 27 juli 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2157.
Bij besluit van 29 maart 2018 heeft het college van gedeputeerde staten van Limburg aan RMS Venlo B.V. (hierna: RMS) een omgevingsvergunning verleend voor onder meer het oprichten en in werking hebben van een inrichting voor bioraffinage/vergisting in Grubbenvorst. In de inrichting van RMS zal mest afkomstig van veehouderijen samen met een aantal andere organische materialen (bermgras en vaste mest) worden vergist en verwerkt tot duurzame energie (‘groen gas’), organische meststoffen en water. Tegen dit besluit zijn een belangenvereniging en omwonenden in beroep gegaan bij de rechtbank Limburg. De rechtbank heeft het beroep bij uitspraak van 24 juli 2020 deels vernietigd en deels ongegrond verklaard maar de omgevingsvergunning is in stand gebleven. Tegen die uitspraak is hoger beroep ingesteld bij de Afdeling. In het hoger beroep komt onder meer de vraag aan de orde of de vergunde installatie moet worden aangemerkt als een geïntegreerde chemische installatie (hierna: gci) als bedoeld in het Besluit milieueffectrapportage (thans bijlage V bij het Omgevingsbesluit, genoemd onder F3). De rechtbank was van oordeel – hierbij rekening houdend met jurisprudentie van de Afdeling uit 2008 – dat dit niet het geval was. De Afdeling oordeelt nu – anders dan in eerdere jurisprudentie – dat aan de criteria betreffende het relatief eenvoudig zijn van de installatie en het al dan niet ontstaan van verhandelbare tussenproducten geen betekenis meer toekomen. Er wordt geoordeeld dat de installatie is aan te merken als een gci waarvoor een milieueffectrapport moet worden opgesteld. Het hoger beroep is gegrond en – als gevolg van het ontbreken van het milieueffectrapport bij de aanvraag – wordt de omgevingsvergunning vernietigd. Volgens de Afdeling zijn de volgende vier cumulatieve voorwaarden van belang:
1-stoffen worden door een chemische omzetting gefabriceerd;
2-de installatie is bestemd voor de fabricage van (voor zover van belang) fosfaat-, stikstof- of kaliumhoudende meststoffen;
3-de stoffen moeten op industriële schaal worden geproduceerd;
4-er moeten verscheidene eenheden naast elkaar bestaan en functioneel met elkaar zijn verbonden.
Ad 1. De rechtbank en de Afdeling hebben beide aangegeven dat er sprake is van een biochemisch proces waarbij ook fysische bewerkingen plaatsvinden. Vergisting is aan te merken als een biochemisch proces waarbij omzetting plaatsvindt middels chemische reacties. De Afdeling wijst in dit verband onder andere op het guidance document van de Europese Commissie waarin vergisting is genoemd als voorbeeld van chemische omzetting. In dat opzicht is er sprake van een chemische omzetting.
Ad 2. De mestkorrels die in de installatie worden geproduceerd zijn aan te merken als fosfaat- en kaliumhoudende meststoffen. Het gegeven dat de productie van mestkorrels niet het hoofddoel van de installatie is (dat is volgens de initiatiefnemer namelijk de productie van groen gas dat kan worden gebruikt als energiebron), doet volgens de Afdeling niet ter zake. Of de mestkorrels nevendoel of hoofddoel zijn, is volgens categorie C21.6 niet van belang.
Ad 3. Uit de geproduceerde hoeveelheden van onder meer 13.000 ton vast ammoniumsulfaat en 44.000 ton organische mestkorrels, de aard van de producten en het feit dat deze voor commerciële doeleinden worden geproduceerd, leidt de Afdeling af dat het gaat om een productie op industriële schaal.
Ad 4. Op dit punt kiest de Afdeling een andere benaderingswijze dan in haar uitspraak uit 2008. In die uitspraak was als criterium aangegeven dat de installatie ‘niet relatief eenvoudig’ moet zijn en dat er verhandelbare tussenproducten uit de verscheidene eenheden ontstaan. Destijds (zie de aangehaalde passage uit de uitspraak hierboven) heeft de toelichting uit het Besluit milieueffectrapportage een rol gespeeld. De Afdeling komt hier nu op terug en stelt dat dit niet te herleiden is tot de M.e.r.-richtlijn en het guidance-document van de Europese Commissie. Anders dan in de eerdere jurisprudentie kent de Afdeling daarom niet langer zelfstandige betekenis toe aan het al dan niet relatief eenvoudig zijn en het al dan niet ontstaan van verhandelbare tussenproducten. Wat uitsluitend relevant blijft, is dat er meerdere proceseenheden zijn die functioneel met elkaar verbonden zijn en samen bijdragen aan de eindproducten.
Biomassavergassing is chemische behandeling als bedoeld in Besluit m.e.r. - ABRvS, 25 mei 2022, ECLI:NL:RVS:2022:1494.
Bij besluit van 17 december 2019 heeft het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant besloten dat het bedrijf OOC Beheer B.V. in Oss een milieueffectrapport moet maken voor een installatie voor mestbewerking en een biomassavergassingsinstallatie. Verweerder is van mening dat de biomassavergassingsinstallatie een activiteit is als bedoeld in categorie 18.4 van onderdeel C van de bijlage bij het Besluit milieueffectrapportage (Besluit m.e.r.) omdat er sprake is van chemische behandeling van afvalstoffen. OOC Beheer B.V. kan zich met dit besluit niet verenigen en gaat in beroep. Zij betoogt dat er sprake is van onbehandeld hout waardoor niet kan worden gesproken van afvalstoffen als bedoeld in de Wet milieubeheer. Volgens haar is er wel sprake van een chemisch proces maar niet van een chemische behandeling waardoor de activiteit als zodanig niet onder het begrip chemische behandeling kan worden geschaard. De Afdeling stelt vast dat appellant onvoldoende informatie bij de aanvraag heeft gevoegd om van de binnenkomende stromen te kunnen uitsluiten dat hier geen afvalstoffen worden geaccepteerd. Daarom kan wel gesproken worden van afvalstoffen. Volgens de Afdeling is er sprake van een chemische behandeling omdat er nieuwe chemische verbindingen ontstaan als gevolg van toevoeging van stoffen. De activiteit is daarom m.e.r.-plichtig. Het beroep wordt ongegrond verklaard. Voor de uitleg van het begrip chemische behandeling is in de m.e.r.-richtlijn verwezen naar de bijlage bij de Kaderrichtlijn afvalstoffen waarbij ook fysisch-chemische behandelingen zijn genoemd. Daaruit blijkt al dat chemische behandeling breder moet worden opgevat dan uitsluitend chemische processen omdat ook fysisch-chemische behandelingen eronder vallen. Louter fysische behandelingen vallen niet onder de werking van het Besluit m.e.r. Maar met organische materialen (mest) als input in een proces kunnen ook chemische processen plaatsvinden die geschaard kunnen worden onder de noemer ‘chemische behandeling’. Voor de interpretatie van ‘chemische behandeling’ is enige procestechnologische kennis vereist. Cruciaal in deze kwestie is dat het vergassings- en vergistingsproces bestaat uit verschillende stappen waarbij nieuwe chemische verbindingen ontstaan als gevolg van toevoeging van stoffen en/of door fysische handelingen (bijvoorbeeld verhitten). Het gaat daarbij om een combinatie van biologische, fysische en chemische handelingen die niet van elkaar te scheiden zijn. Hoewel de uitspraak geen inzicht geeft hoe het proces precies verloopt, is het wel duidelijk dat er sprake is van verhitting, waarna in volgende stappen stoffen worden toegevoegd om uiteindelijk aardgas te produceren dat aan het aardgasnet wordt geleverd. Ofschoon er sprake is van een start met natuurlijke (biologische) materialen en er hoofzakelijk fysische behandelingen plaatsvinden (verhitten, stoffen toevoegen), vinden er chemische processen plaats waardoor uiteindelijk gesproken kan worden van een chemische behandeling. In aanvulling op de uitspraak kan worden opgemerkt dat bij een vergassingsproces sprake is van een goede procesbeheersing waarbij technische uitgangspunten uit de chemische procestechnologie worden toegepast (sturen op parameters e.d.).Ook al hebben de handelingen met afvalstoffen niet betrekking op verwijdering van afvalstoffen binnen de inrichting zelf, deze zijn wel aan te merken als een verwijdering als bedoeld in het Besluit milieueffectrapportage, Rechtbank Gelderland 5 april 2019, ECLI:NL:RBGEL:2019:1491
Het college van gedeputeerde staten van Gelderland verleent een omgevingsvergunning voor een afvalverwerkingsinrichting in Wijchen. Een omwonende gaat in beroep en stelt dat er ten behoeve van de vergunningverlening een milieu-effectbeoordeling (m.e.r.-beoordeling) had moeten worden verricht omdat er sprake is van een inrichting waar verwijdering van afvalstoffen plaatsvindt. De omwonende vreest verder voor de aantasting van het woon– en leefklimaat, onder andere geurhinder vanwege het opslaan en bewerken van afvalstoffen. De rechtbank is van oordeel dat hier sprake is van een m.e.r.-beoordelingsplicht als bedoeld in categorie D.18.1 van de bijlage bij het Besluit milieueffectrapportage omdat het begrip ‘verwijdering van afvalstoffen’ in de zin van de m.e.r.-richtlijn een autonoom begrip is. De rechtbank verwijst hierbij naar het Massafra-arrest van het Europese Hof van 23 november 2006 (ECLI:EU:C:732). De IPPC-installatie binnen de inrichting is beperkt tot de opslag van gevaarlijk afval. Verweerder heeft volgens de rechtbank terecht getoetst aan afdeling 2.3 van het Activiteitenbesluit maar het college heeft onvoldoende gemotiveerd dat sprake is van een aanvaardbaar niveau van geurhinder, nu de opslagduur van afval niet met voorschriften is geborgd. De overige beroepsgronden slagen niet. Het beroep is gegrond en de rechtbank vernietigt het bestreden besluit.
Opslaan van afvalstoffen is verwijdering van afvalstoffen, m.e.r.-beoordeling nodig – Rechtbank Gelderland, 11 juni 2019, ECLI:NL:RBGEL:2019:1491.
Het college van Gedeputeerde Staten van Gelderland verleent een omgevingsvergunning voor een afvalverwerkingsinrichting in Wijchen. Een omwonende gaat in beroep en stelt dat er ten behoeve van de vergunningverlening een milieu-effectbeoordeling (m.e.r.-beoordeling) had moeten worden verricht omdat er sprake is van een inrichting waar verwijdering van afvalstoffen plaatsvindt. De omwonende vreest verder voor de aantasting van het woon– en leefklimaat, onder andere geurhinder vanwege het opslaan en bewerken van afvalstoffen. De rechtbank is van oordeel dat hier sprake is van een m.e.r.-beoordelingsplicht als bedoeld in categorie D.18.1 van de bijlage bij het Besluit milieueffectrapportage omdat het begrip “verwijdering van afvalstoffen” in de zin van de m.e.r.-richtlijn een autonoom begrip is. De rechtbank verwijst hierbij naar het Massafra-arrest van het Europese Hof van 23 november 2006 (ECLI:EU:C:732). De IPPC-installatie binnen de inrichting is beperkt tot de opslag van gevaarlijk afval. Verweerder heeft volgens de rechtbank terecht getoetst aan afdeling 2.3 van het Activiteitenbesluit maar het college heeft onvoldoende gemotiveerd dat sprake is van een aanvaardbaar niveau van geurhinder, nu de opslagduur van afval niet met voorschriften is geborgd. De overige beroepsgronden slagen niet. Het beroep is gegrond en de rechtbank vernietigt het bestreden besluit.
Mest is een afvalstof en mestvergisting afvalverwijdering – ABRvS, 3 oktober 2018, ECLI:NL:RVS:2018:3201.
Het bedrijf NMO BV heeft in 2014 een aanvraag ingediend voor het bouwen van een loods en opslagbassins voor drijfmest en digestaat. In de silo’s wordt varkensmest bewerkt tot een product dat voor de export bedoeld is. Het college van B en W van de gemeente Leudal heeft een omgevingsvergunning als bedoeld in de Wabo verleend voor de bouw van mestbassins en voor het afwijken van het bestemmingsplan. Tevens heeft het het initiatief aangemerkt als een type B-inrichting als bedoeld in het Activiteitenbesluit en zijn er maatwerkvoorschriften gesteld ter voorkoming van geuroverlast, geluidhinder en ter beperking van de ammoniakemissie. Volgens appellante Dorpsraad Buggenum is er echter ook sprake van een vergunningplicht op grond van artikel 2.1, lid 1, onder e, van de Wabo (voorheen; “milieuvergunning”), omdat er sprake is van mestopslag waarvoor in het Besluit omgevingsrecht (Bor) een definitie ontbreekt.
De Afdeling stelt vast dat in het Bor geen definitie is opgenomen van mestbassin, maar dat kan worden aangesloten bij de definitie in het Activiteitenbesluit. De appellante betoogt verder dat het college niet heeft onderkend dat mest een afvalstof is en dat een m.e.r.-beoordeling had moeten worden gemaakt omdat de activiteiten vallen onder categorie 18.1 van onderdeel D van de bijlage bij het Besluit milieueffectrapportage (Besluit mer). Dat de mest wordt verwerkt tot een economisch rendabel product leidt volgens de Afdeling niet tot het oordeel dat er geen sprake is van een afvalstof. Totdat de mest aan de bewerker NMO BV wordt geleverd, is het voor de veehouders een last waarvan zij zich moeten ontdoen. Derhalve is de mest een afvalstof en dat blijft deze in ieder geval tot aan het moment van verwerking ervan.
Er is sprake van verwijdering van afvalstoffen als bedoeld in het Besluit mer en derhalve had het college, gelet op categorie 18.1 uit onderdeel D van het Besluit mer, een m.e.r.-beoordeling moeten uitvoeren. Het besluit wordt vernietigd en in de uitspraak is voorts bepaald dat de aanvraag om omgevingsvergunning buiten behandeling wordt gelaten. Omdat er sprake is van een m.e.r.-beoordelingsplicht voor afvalverwijdering is hier namelijk sprake van een vergunningplicht op grond van de Wabo gelet op artikel 2.1, lid 2, van het Bor.
Bij m.e.r.-beoordeling bijzondere omstandigheden motiveren – ABRvS, 16 november 2016, ECLI:NL:RVS:2016:3057.
"De Afdeling komt tot de conclusie dat de mest een last is waarvan de veehouders zich moeten ontdoen omdat zij aan MACE een vergoeding betalen voor verwerking. Er is geen grond voor het oordeel dat het college zich ten onrechte op het standpunt heeft gesteld dat categorie 18.1 van de bijlage bij het Besluit m.e.r. niet van toepassing is.
De Afdeling oordeelt voorts dat het college zonder algemeen aanvaarde wetenschappelijke inzichten aangaande de risico’s voor de volksgezondheid vanwege zoönosen zich niet op het standpunt kan stellen dat zich, als gevolg van de mestverwerkingsinstallatie, belangrijke nadelige gevolgen voor het milieu kunnen voordoen die nopen tot het maken van een milieueffectrapport. De standpunten dat er vanwege het energieverbruik en de gevolgen voor het verkeer aanleiding bestaat tot het maken van een milieueffectrapport zijn niet toereikend gemotiveerd. Mogelijke maatschappelijke onrust is geen aspect waarmee rekening kan worden gehouden bij de beoordeling of een milieueffectrapport moet worden gemaakt.
De Afdeling ziet aanleiding om in het belang van een spoedige beëindiging van het geschil het college op te dragen om alsnog toereikend te motiveren waarom zich belangrijke nadelige gevolgen voor het milieu kunnen voordoen, die tot het maken van een milieueffectrapport nopen, dan wel, indien het tot het oordeel komt dat zulke gevolgen zich niet kunnen voordoen, te besluiten dat geen milieueffectrapport hoeft te worden gemaakt."