Aan een melkrundveehouderij is een natuurvergunning verleend voor de wijziging van het bedrijf met toepassing van intern salderen. Voor de exploitatie is eerder, in 2018, met toepassing van PAS, een vergunning verleend.
De rechtbank heeft de natuurvergunning vernietigd. De rechtbank heeft daar onder meer aan ten grondslag gelegd dat het college een referentiesituatie die ontleend is aan een PAS-vergunning niet in de voortoets mag betrekken. De rechtbank leidt dit uit het zogenoemde AquaPri-arrest van het Hof van Justitie (HvJ 10 november 2022, ECLI:EU:C:2022:864) af.
GS van Groningen zijn in hoger beroep gegaan.
De Afdeling is met GS van oordeel dat de rechtbank ten onrechte heeft geoordeeld dat aan een PAS-vergunning geen referentiesituatie kan worden ontleend. Dat kan wel, maar anders dan het college ten tijde van het instellen van het hoger beroep veronderstelde, kan de referentiesituatie die ontleend wordt aan een bestaande vergunde situatie niet worden betrokken in de voortoets. Intern salderen, ook met een PAS-vergunning, mag onder voorwaarden als mitigerende maatregel in een passende beoordeling worden betrokken.
De Afdeling verwijst naar de uitspraak van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923. In die uitspraak is onder 17-17.7 uiteengezet waarom de gevolgen van een bestaande vergunde situatie niet in de voortoets kunnen worden betrokken. Onder 18.2-18.7 van die uitspraak is ingegaan op de betekenis van het AquaPri-arrest voor het betrekken van toestemmingen die niet voldoen aan artikel 6, derde lid, van de Hrl, zoals PAS-vergunningen, in de passende beoordeling voor een nieuw project.
GS hebben in een nadere reactie naar voren gebracht dat het Hof in het Eco-Advocacy-arrest (HvJ 15 juni 2023, ECLI:EU:C:2023:477) niet is teruggekomen van punt 83 uit het PAS-arrest ((HvJ 7 november 2018, ECLI:EU:C:2018:882). Uit deze twee arresten kan dan ook niet worden afgeleid dat de aanvraag voor een natuurvergunning bij de wijziging van een project betrekking moet hebben op het gehele project na wijziging, waarbij in de voortoets geen rekening mag worden gehouden met de bestaande vergunde situatie. De Afdeling gaat daar echter in de uitspraak van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923 wel vanuit.
De Afdeling leidt uit de rechtspraak van het Hof, af dat een beoordeling op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl moet plaatsvinden als een activiteit niet meer kan worden beschouwd als één-en-hetzelfde project ten opzichte van het project waarvoor eerder een natuurvergunning of toestemming voor de referentiedatum is verleend. Als niet langer sprake is van één-en-hetzelfde project dan is sprake van een nieuw project waarvan moet worden beoordeeld of daarvoor een natuurvergunning nodig is.
Het college merkt terecht op dat in de Logtsebaan-uitspraak staat dat het nieuwe project dan de wijziging van het project is. De Afdeling is daar in de uitspraak van 18 december 2024 op teruggekomen. In die uitspraak heeft de Afdeling immers uiteengezet dat het nieuwe project het gehele project na wijziging is. Dat de beoordeling van de vergunningplicht betrekking moet hebben op het gehele project na wijziging volgt naar het oordeel van de Afdeling uit de systematiek van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn, dat uitgaat van een integrale beoordeling van projecten.
Zoals de Afdeling in 17-17.7 in de uitspraak van 18 december 2024 heeft uiteengezet leidt zij uit het Eco Advocacy-arrest af dat in de voortoets de gevolgen van het project op zich zelf beoordeeld moeten worden, dat wil zeggen zonder daarbij de positieve effecten van mitigerende maatregelen of de beëindiging of wijziging van een bestaande vergunde situatie te betrekken. Bij de beoordeling van de gevolgen van het project op zich zelf mag volgens het Hof rekening worden gehouden met onderdelen in het ontwerp van het project die daar inherent deel van uitmaken en die de schadelijke gevolgen van dat project beperken. De Afdeling leest hierin niet een verruiming van wat in een voortoets bij de beoordeling van de gevolgen van een project mag worden betrokken, maar juist een bevestiging dat die beoordeling alleen betrekking mag hebben op de gevolgen van het project op zich zelf.
In dit geval is een aanvraag voor een natuurvergunning gedaan voor de wijziging van het veebestand in de bestaande stallen en de uitbreiding van een ligboxenstal. Door deze wijzigingen is niet langer sprake van één-en-hetzelfde project ten opzichte van het project waarvoor eerder een natuurvergunning is verleend. Voor dat nieuwe project, dat de exploitatie van de gehele melkveehouderij na wijziging omvat, moet worden beoordeeld of een vergunning nodig is en zo ja of die kan worden verleend. Het college zal de aanvraag, die in dit geval al betrekking heeft op het gehele project na wijziging, opnieuw moeten beoordelen waarbij een vergelijking van de gevolgen van de beoogde situatie met de gevolgen die zijn toe te rekenen aan de bestaande natuurvergunde situatie (intern salderen) mag plaatsvinden in de passende beoordeling. Dat mag als ook voldaan wordt aan de overige eisen voor het betrekken van een mitigerende maatregel in de passende beoordeling.
Het college moet een nieuw besluit op de aanvraag nemen. Daarbij moet het college deze uitspraak, de uitspraak van de rechtbank, voor zover deze niet of tevergeefs is aangevochten en het beoordelingskader uit de uitspraak van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923, in acht nemen 
