Over de directe effecten van windparken op de kwetsbare diersoorten is al veel kennis. Die kennis wordt ook gebruikt om maatregelen te treffen die deze effecten verminderen. Deze maatregelen staan in verplichtende voorschriften aan de vergunninghouder(s) in de kavelbesluiten voor windparken op zee. Voorbeelden van dergelijke voorschriften zijn:
Een geluidsnorm voor heiwerkzaamheden bij de aanleg van windturbines om bruinvissen en zeehonden te beschermen.
Een verplichting om bij massale vogeltrek de windturbines (nagenoeg) stil te zetten om botsingen met de wieken te voorkomen.
Een stilstandsverplichting bij omstandigheden waarin vleermuizen massaal de Noordzee oversteken.
Hierover is nog weinig bekend en wordt daarom onderzocht. Op dit moment is het vermoeden dat windturbines op zee lokaal effect kunnen hebben op onder andere golven, stromingspatronen en troebelheid van het water. Dat kan weer effect hebben op de productie van plantaardig materiaal en plankton. Plankton is voedsel voor onder andere vissen en vissen zijn op hun beurt weer voedsel voor andere vissen, vogels en zeezoogdieren. Dat wil zeggen dat er dus mogelijk een effect kan zijn op de voedselketen en de daarin levende kwetsbare soorten. Of dit effect positief of negatief is moet nog uit onderzoek blijken.
De overheid onderzoekt daarnaast ook of de ligging en omvang van een windpark invloed heeft op het effect op het ecosysteem.
Windturbines op zee krijgen veel te verduren. Regendruppels in combinatie met een hoge draaisnelheid kan erosie veroorzaken bij de bladen van de turbine. Er kunnen dan stukjes afbreken bestaande uit glasvezel in een epoxy matrix, en verf. Dit is hetzelfde materiaal als van een polyester zeilboot of surfplank. Het materiaal is niet giftig, maar hoort natuurlijk niet in de natuur. Deze erosie is vooral een probleem bij oudere windturbines. Tegenwoordig zijn goede oplossingen voorhanden voor dit probleem en wordt er systematisch onderhoud uitgevoerd, waardoor de meeste erosie wordt voorkomen. Het voorkomen van erosie is immers beter dan genezen, ook economisch gezien, want het repareren van bladen van windmolens op zee is een kostbare en tijdrovende zaak.
De natuur is beschermd via de wet Natuurbescherming. De windparken op zee moeten aan de voorwaarden van die wet voldoen. Daarvoor zijn in de kavelbesluiten voor de windparken voorschriften opgenomen op grond waarvan de windturbines stilgezet moeten worden bij vogel- of vleermuistrek. Om de natuur onder water te beschermen gelden geluidsnormen voor de aanleg van windparken. Ook is er een verplichting om het windpark zodanig te ontwerpen en te realiseren dat het park actief bijdraagt aan versterking van een gezonde zee en versterking van behoud en duurzaam gebruik van soorten en habitats die van nature in Nederland voorkomen.
